ويخول القرار الرئاسي المصري الذي حمل رقم 291 لسنة 2005 المحافظين كل في دائرة اختصاصه، "بالترخيص للطوائف الدينية المسيحية بهدم كنيسة أو إقامة كنيسة محلها في ذات موقعها وبإقامة بناء أو إجراء تعديلات أو توسعات في كنيسة قائمة، على أن يتم البت في طلب الترخيص بعد أخذ رأى الجهات المعنية خلال ثلاثين يومًا من تاريخ تقديمه، ولا يجوز رفض الطلب إلا بقرار مسبب".
كما نصّ القرار في مادته الثانية على أن يكون الترميم أو تدعيم منشآت كنسية قائمة بموجب إخطار كتابي من مسؤول الكنيسة إلى الجهة الإدارية المختصة بشؤون التنظيم في كل محافظة.
كان أحد المحامين المصريين قد أقام دعوى قضائية اختصم فيها رئيس الجمهورية لإلغاء قراره بشأن تفويض المحافظين في الترخيص بهدم وإقامة كنيسة، مؤكدًا أن القرار مخالف للدستور والقانون.
وأوضح في عريضة دعواه أن قرار مبارك يقيد حرية بعض المواطنين (يقصد المسيحيين) في ترميم دور عبادتهم في حين لا توجد مثل تلك القيود على باقي المواطنين (المسلمين)؛ الأمر الذى يعد إخلالاً بمبدأ المساواة ويخالف مبدأ حرية العقيدة.
